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一、范圍不同。土壤三普對象是全國耕地、園地、林地、草地等農用地和部分未利用地的土壤。其中，林地、草地中突出與食物生產相關的土地，未利用地重點調查與可開墾耕地資源潛力相關的土地，如鹽堿地等。調查面積約為陸地國土的76％。國土三調對象是我國陸地國土。
二、目的不同。土壤三普目的是查明全國土壤類型及分布，全面查清土壤資源現(xiàn)狀和變化趨勢，掌握土壤質量、土壤健康等基礎數據，實現(xiàn)對土壤的“全面體檢"。國土三調目的是全面查清某一時間節(jié)點全國土地資源數量及利用狀況，掌握真實準確的土地利用狀況基礎數據。
三、內容不同。土壤三普是對土壤理化和生物性狀、土壤類型、土壤立地條件、土壤利用情況等的普查。國土三調是對土地利用現(xiàn)狀及變化情況、土地權屬及變化情況等的調查。
四、方法不同。土壤三普是調查采集表層土壤樣品，挖掘土壤剖面、采集分層土樣，分析化驗土壤理化性狀等，是三維立體式調查。國土三調是在第二次全國土地調查利用類型圖基礎上，通過遙感影像對土地利用現(xiàn)狀進行判讀，實地調查核實變化土地的地類、面積和權屬，是二維平面式調查。
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